Существуют две гипотезы о происхождении озера Восток: 3

1. Наиболее популярная среди учёных. 3 Водная толща озера — это результат таяния на нижней поверхности ледника. 3 В связи с этим возраст воды оценивается порядка 2–3 миллионов лет. 3
2. Другая гипотеза. 3 Озеро существовало до момента оледенения Антарктиды. 3 Антарктида тогда была частью суперконтинента Гондваны, которая постепенно двигалась из умеренных широт в высокоширотное положение и заняла наконец полюсное положение, а само оледенение началось порядка 30–40 миллионов лет назад. 3 Если отталкиваться от второй гипотезы, то возраст озера может достигать десятков миллионов лет. 3

Также есть предположение, что озеро Восток расположено в рифтовом разломе земной коры. 2 Тогда, вероятно, на его дне происходят процессы, близкие к вулканическим, с извержением солевых потоков. 2 Потому в придонных слоях вода может быть солёной, а сверху за счёт таяния ледника вода, скорей всего, пресная. 2