Наследование окраски томатов определяется взаимодействием ряда генов: 2

• Ген R контролирует образование ликопина, который придаёт красный цвет мякоти плода. 2
• Ген t отвечает за оранжевую окраску мякоти плода: при его наличии синтез ликопина нарушен, плоды накапливают пигмент проликопин. 2
• Ген r определяет жёлтый цвет мякоти плода: в этом случае синтез ликопина ингибирован. 2
• Ген В отвечает за высокое содержание р-каротина и низкое — ликопина. 2
• Ген at определяет жёлтую мякоть спелых плодов с розоватым румянцем. 2
• Ген sh отвечает за жёлтую мякоть плода с красноватым оттенком. 2
• Ген vo определяет оранжевую мякоть плодов, более красную на внешних стенках. 2

Также на окраску плодов влияют гены лежкости томата — alc, nor, rin. 3 Вследствие снижения активности или полной блокировки синтеза фермента полигалактураназы окраска плода изменяется от жёлто-лимонной (у форм с геном rin) до светло-красной (у носителей гена alc). 3