Появление примитивных отметин у гнедых лошадей определяется несколькими генетическими механизмами. 4
Один из них связан с генами локуса агути (Agouti). 3 Доминантный аллель А в этом локусе в процессе эмбриогенеза переключает часть меланоцитов на синтез рыжего пигмента. 13 Помимо этого, аллель А распределяет чёрный пигмент, концентрируя его в гриве, хвосте и нижней части ног лошади, что и образует гнедую масть. 13
Также за проявление дополнительных примет на основной масти отвечают два гена, эпистатически взаимодействующих между собой. 2 Один из них определяет наличие пятнистости, другой активирует или ингибирует пигментацию. 2
Ещё один генетический механизм связан с геном ASIP. 4 Доминантная («дикая») аллель этого гена отвечает за синтез белка, который блокирует MC1–рецептор, связывающий меланоцитостимулирующий гормон, что приводит к синтезу феомеланина. 4 Поскольку действие «нормального» протеина в значительной степени зависит от места его производства, на некоторых участках тела, ногах и в защитном волосе образуется чёрный вариант пигмента. 4 Фенотипически это проявляется в виде гнедой масти. 4