Спейсеры в оперонах бактерий выполняют функцию адаптивного иммунитета к бактериофагам и плазмидам. 34

Когда клетку с CRISPR-системой заражает вирус, из его генома вырезается небольшой фрагмент и встраивается в кассету в качестве спейсера. 1 При повторных заражениях одним и тем же агентом включение первого спейсера, особенно если он из-за случайных мутаций не обеспечивает полной защиты, ускоряет приобретение дополнительных спейсеров против того же самого чужеродного репликона. 1

Кроме того, CRISPR-Cas-системы, к которым относятся и спейсеры, оказывают влияние на горизонтальный перенос генов, связаны с системами репарации ДНК, программированной гибелью клеток, влияют на регуляцию генов вирулентности и ответа на стресс, групповое поведение бактерий и другие клеточные функции. 2