Мезоглея в организме кишечнополостных выполняет следующие функции:

• Служит внутренним скелетом, поддерживающим тело. 12 Эластичные свойства мезоглеи помогают восстановить форму после деформации в результате сокращения мышц. 1
• Служит опорой (базальной пластиной) для двух слоёв тканей. 5 У полипов стрекающих она часто представляет собой лишь тонкую прослойку между эпителиями и выполняет функции базальной пластинки, подстилающей клетки. 3
• Содержит блуждающие амебоциты, которые играют роль в фагоцитозировании мусора и бактерий. 1 Эти клетки также борются с инфекциями, вырабатывая антибактериальные химические вещества. 1

Особенно хорошо развита мезоглея у планктонных форм — гребневиков и медуз, у которых она выполняет роль упругого скелета. 3