Конъюгация выполняет следующие функции в эволюции инфузорий:

• Обмен наследственной (генетической) информацией. 1 В результате конъюгации обновляются наследственные свойства и появляются новые комбинации генов. 3
• Повышение генетического разнообразия. 14 Это увеличивает приспособительные возможности организма к условиям окружающей среды. 2
• Восстановление уровня обмена веществ и темпа деления. 2 При длительном бесполом размножении путём деления происходит «старение» макронуклеуса, а вместе с тем и всей клетки: снижается активность процесса обмена веществ, снижается темп деления. 2 После конъюгации, в процессе которой старый макронуклеус разрушается, происходит восстановление уровня обмена веществ и темпа деления. 2