Клоака у разных видов позвоночных животных выполняет следующие функции:

• Общее отверстие, через которое выводится наружу содержимое кишечных, мочевых и половых протоков. 5 В клоаку открываются мочеточники, половые протоки (семепроводы или яйцеводы) и мочевой пузырь. 5
• У некоторых животных, например рептилий и птиц, в клоаке есть вспомогательный орган (пенис). 24 Он используется для направления спермы в клоаку самки. 2
• У рептилий некоторые виды модифицировали клоаки для увеличения газообмена. 3 Например, некоторые черепахи во время погружений используют клоакальное дыхание благодаря паре дополнительных воздушных пузырей, соединённых с клоакой и способных поглощать кислород из воды. 3