BLAST поддерживает различные форматы файлов для хранения последовательностей, среди них:

• FASTA. 15 Последовательность можно ввести в этом формате или как уникальный номер. 1
• XML BLAST Output. 2 Это читаемый формат, который создаёт программа BLAST. 2
• Tabular. 34 Часто используемый формат, который легко анализируют инструменты командной строки Unix, а его структура позволяет легко читать и понимать данные. 4
• Text ASN.1. 3
• Binary ASN.1. 3
• Comma-separated values. 3
• BLAST archive format (ASN.1). 3

Важно учитывать, что поддерживаемые форматы не стандартизированы, и их идентификаторы могут меняться в зависимости от версии программы. 3