На изменение системы спряжения в русском языке повлияли, в частности, следующие фонетические процессы:

• Упрощение системы спряжения древнерусского языка. 1 В нём категории времени и вида ещё не были полностью расчленены, во всех временах глаголы различались по лицам, было три парадигмы числа — единственное, множественное и двойственное. 1
• Ассимиляция звука [j]. 1 Когда он попадал в положение после согласного, оканчивающего корень, то ассимилировался, смягчая предшествующий согласный. 1 В результате изменений [sj] > [ш'], [zj] > [ж'] возникли чередования [с]/[ш], [з]/[ж] в формах инфинитива и настоящего времени. 1
• Утрата гласных в окончаниях и редукция некоторых форм. 2 Система спряжений существовала ещё в старославянском языке, затем она была упрощена и адаптирована в русском. 2

Также на изменение системы спряжения повлияли чередования согласных и гласных при спряжении некоторых глаголов: 4

• Чередования согласных: «печь» — «пеку, печёшь», «беречь» — «береги, бережёшь», «махать» — «машу, машешь». 4
• Чередования гласных: «молоть» — «мелю, мелешь», «стирать» — «стереть». 4