Некоторые факторы, влияющие на стабильность структуры двойной спирали ДНК:

• Водородные связи. 1 Разные пары оснований образуют разное количество таких связей. 1 Например, АТ связаны двумя, ГЦ — тремя. 1 Процент ГЦ-пар и длина молекулы ДНК определяют количество энергии, необходимой для диссоциации цепей. 1
• Ионное окружение. 1 Рост ионной силы стабилизирует ДНК по отношению к денатурированию. 1 Ионы марганца, кобальта, цинка и никеля повышают температуру плавления ДНК, а ионы меди, кадмия и свинца, напротив, понижают её. 1
• Нуклеотидная последовательность. 2 Гибкость ДНК зависит от нуклеотидной последовательности и меняется как локально, в зависимости от присутствия определённых последовательностей, так и более глобально, исходя из полного состава молекулы. 2
• Электронные конфигурации пар оснований. 2 В число главных факторов, отвечающих за способность шага оснований пространственно искажаться, входят электронные конфигурации пар оснований, число водородных связей, образованных между основаниями и с молекулами растворителя, и экзоциклические группы, занимающие большую или малую бороздку. 2