Некоторые факторы, влияющие на стабильность комплекса MHC на поверхности клетки:

• Наличие пептида. 2 Пептид является интегральным компонентом комплекса MHC/пептид, в его отсутствие молекула MHC теряет стабильность и исчезает с поверхности клетки. 2 Условием связывания пептида с молекулой MHC является наличие в его структуре мотива, специфичного для данного аллеля MHC класса II, или нескольких аминокислотных остатков в определённых позициях. 2
• Устойчивость взаимодействия иммуногена с молекулой MHC. 1 Устойчивое взаимодействие иммуногена с молекулой MHC за пределами её пептид-связывающего домена приводит к образованию относительно стабильных комплексов MHC II-пептид на поверхности мембраны клетки. 1

Только стабильные структуры MHC-пептид транспортируются и далее представляются на поверхности клетки. 1 Потеря пептида из-за слабых взаимодействий или связывание локально доступных пептидов вне клетки пустыми молекулами MHC может привести к неэффективной презентации антигена. 1