На расстановку знаков препинания при использовании союза «после того как» влияют, например, следующие факторы:

• Структура предложения. 3 Если придаточное предложение заключено внутри главного, «после того как» пишется в начале зависимой части и отделяется запятыми с двух сторон. 3 Пример: «Пётр Леонидович, после того как уверовал в Бога, целые дни проводил в молитвах». 3
• Положение союза. 2 Если союз с придаточной частью стоит после главной, то запятая ставится после главной части перед союзом. 2 Пример: «Я не могу закончить отчёт, после того как потеряла дневник наблюдений». 2
• Положение придаточной части. 2 Если придаточная часть с союзом стоит впереди главной, то «после того как» запятая нужна и ставится после всего придаточного предложения. 2 Пример: «После того как сделаны уроки, я могу включить компьютер». 2
• Логическое ударение. 2 Если на первую часть союза падает логическое ударение, есть частицы или усилительные слова, то запятая ставится внутри союза и разделяет его. 2 Пример: «Я приеду к брату только после того, как он позвонит и сам пригласит меня в гости». 2
• Наличие частиц и вводных слов. 3 Запятая пишется внутри, если перед оборотом есть частица «не», вводное слово (пожалуй, видимо, вероятно, к сожалению и др.), частицы с ограничительным или усилительным значениями (лишь, только, даже и др.). 3 Пример: «Мы договорились встретиться не после того, как начнётся парад, а чуть пораньше». 3