На изменение цвета эвглены зелёной в процессе жизнедеятельности влияют следующие факторы:

• Длительное пребывание в малоосвещённых местах. 12 В этом случае хлорофилл в хлоропластах разрушается, и эвглена приобретает бледно-зелёный или вовсе теряет цвет. 1 Однако при возвращении в освещённые места у эвглены вновь начинает иметь место автотрофное питание. 1
• Слишком яркий свет. 4 В этом случае эвглена быстро становится красной, используя каротиноидный пигмент астаксантин как защиту от слишком интенсивного солнечного излучения. 4 Избыток ультрафиолетового излучения приводит к повреждению хлоропластов, ухудшает фотоориентацию и подвижность клеток, а также обесцвечивает пигмент хлорофилл. 4