Какие факторы влияют на эффективность разделения ДНК в агарозном геле?

На эффективность разделения ДНК в агарозном геле влияют следующие факторы:

• Размер молекул ДНК. en.wikipedia.org elibrary.sgu.ru Молекулы меньшего размера перемещаются быстрее, чем молекулы большего размера. en.wikipedia.org Однако эта взаимосвязь нарушается с очень большими фрагментами ДНК. en.wikipedia.org Для разделения очень крупных фрагментов требуется использование гель-электрофореза в импульсном поле. en.wikipedia.org
• Концентрация агарозы. en.wikipedia.org molbioph.niif.spbu.ru При использовании геля низкой концентрации лучше растворяются крупные молекулы, а при высокой концентрации — мелкие. en.wikipedia.org Однако для получения гелей с высокой концентрацией требуется более длительное время обработки. en.wikipedia.org
• Конформация молекулы ДНК. en.wikipedia.org elibrary.sgu.ru Например, сверхспиральная ДНК обычно движется быстрее, чем расслабленная ДНК, потому что она плотно свёрнута и, следовательно, более компактна. en.wikipedia.org
• Напряжённость поля. elibrary.sgu.ru molbioph.niif.spbu.ru Эффективное разделение фрагментов ДНК происходит при напряжённости, не превышающей 5 В/см геля. elibrary.sgu.ru С увеличением напряжённости эффективность разделения ДНК ухудшается. elibrary.sgu.ru
• Электроэндосмос. en.wikipedia.org Отрицательно заряженные группы агарозы создают поток воды в направлении, противоположном движению ДНК, и могут замедлять движение ДНК и вызывать размытие полос. en.wikipedia.org