Какие факторы влияют на эффективность разделения ДНК в агарозном геле?

На эффективность разделения ДНК в агарозном геле влияют следующие факторы:

• Размер молекул ДНК. 13 Молекулы меньшего размера перемещаются быстрее, чем молекулы большего размера. 1 Однако эта взаимосвязь нарушается с очень большими фрагментами ДНК. 1 Для разделения очень крупных фрагментов требуется использование гель-электрофореза в импульсном поле. 1
• Концентрация агарозы. 15 При использовании геля низкой концентрации лучше растворяются крупные молекулы, а при высокой концентрации — мелкие. 1 Однако для получения гелей с высокой концентрацией требуется более длительное время обработки. 1
• Конформация молекулы ДНК. 13 Например, сверхспиральная ДНК обычно движется быстрее, чем расслабленная ДНК, потому что она плотно свёрнута и, следовательно, более компактна. 1
• Напряжённость поля. 35 Эффективное разделение фрагментов ДНК происходит при напряжённости, не превышающей 5 В/см геля. 3 С увеличением напряжённости эффективность разделения ДНК ухудшается. 3
• Электроэндосмос. 1 Отрицательно заряженные группы агарозы создают поток воды в направлении, противоположном движению ДНК, и могут замедлять движение ДНК и вызывать размытие полос. 1