Некоторые факторы, влияющие на численность популяции среднеазиатской черепахи в природе:

• Сокращение площади, пригодной для жизни вида. 3 Это происходит из-за распашки земель, использования территории под населённые пункты, горнорудные разработки, инфраструктурные и прочие объекты. 3 Также на численность влияет деградация угодий из-за чрезмерного, неконтролируемого выпаса скота. 3
• Нелегальный вылов. 2 Среднеазиатская черепаха представляет коммерческий интерес, поэтому является предметом зоологической торговли. 2
• Освоение и орошение земель. 2 В долинах крупных рек и плоских межгорных долинах черепаха может полностью или частично вытесняться. 2
• Природно-климатические факторы. 4 Например, продвижение черепахи в горы затрудняют низкая температура в тёплый период года, дефицит кормов, отвесные каменистые склоны, непригодные для передвижения и рытья нор. 4
• Густой травостой. 2 Он препятствует свободному передвижению черепах и прогреву их на солнце. 2 Особенно неблагоприятны такие условия для молодых особей. 2