Некоторые факторы, которые могут увеличивать вероятность неравного кроссинговера:

• Сходство между последовательностями. 2 Чем больше сходства внутри последовательностей, тем более вероятно неравномерное пересечение. 2
• Количество повторяющихся последовательностей вокруг дупликации. 2 Это происходит потому, что повторяющиеся последовательности будут соединяться вместе, что приведёт к несоответствию в точке пересечения. 2
• Смещение гомологов в области многокопийных последовательностей (кластеры генов, области теломер и другие). 5 В итоге происходит неравносильный обмен фрагментами, и в одной хромосоме возникает дупликация, а в другой — делеция. 5

Также на частоту кроссинговера влияет функциональное состояние организма, например, возраст самки — у молодых особей она выше, у старых — ниже. 1 Кроме того, частоту кроссинговера могут повышать факторы внешней среды: повышенная температура, облучение, воздействие химических веществ. 3