Некоторые естественные враги морских ежей в естественной среде обитания:

• Морские котики и каланы. 14 Поймав ежа, калан либо долго крутит его в лапах, чтобы примять иголки, и потом съедает, либо разбивает ежа камнем на собственной груди. 4
• Крупные морские птицы. 1
• Рыбы. 1 Они переворачивают ежей, чтобы добраться до незащищённой мягкой части тела. 1
• Омары. 14
• Морские звёзды. 14

Также среди врагов морских ежей — паразиты, например многощетинковые черви и голотурии, которые прячутся между иголками. 1