Некоторые естественные враги летучей рыбы в естественной среде обитания:

• Воздушные хищники. 3 К ним относятся чайки, альбатросы, фрегаты, орланы, коршуны. 13 Находясь в воздухе, они отслеживают водную гладь и в определённый момент пикируют, чтобы поймать добычу. 3
• Подводные хищники. 14 Например, тунец, который обитает бок о бок с летучей рыбой и питается ей. 1 Также она служит кормом таким рыбам, как пеламида, луфарь, треска. 1
• Дельфины и кальмары. 1
• Акулы и киты. 1 Целенаправленно на летучую рыбу они не охотятся, но могут поглощать её вместе с планктоном при случайном попадании. 1