Плоские черви занимают различные экологические ниши в природе:

• Свободноживущие виды обитают в солёных и пресных водоёмах, некоторые способны жить во влажной наземной среде. 45
• Паразитические виды обитают в организме животных и человека, используя их как хозяев для обитания, размножения и защиты. 2 В жизненном цикле таких червей происходит смена хозяев. 2

Кроме того, выделения плоских червей, например слизь, могут оказывать влияние на окружающую среду. 3 Так, слизь, которой черви покрывают свои хвосты, после колонизации бактериями и простейшими образует структуру, напоминающую биоплёнку. 3 Это может способствовать подпитке микробных пищевых сетей. 3