Некоторые экологические функции мхов, в том числе кукушкина льна, в природных экосистемах:

• Средообразующая. 3 В лесных моховых подушках обитает множество мелких животных — черви, моллюски, насекомые. 3 В зарослях подводных мхов укрываются водные беспозвоночные и мальки, рыбы используют заросли мха как субстрат для откладывания икры. 3
• Пионерная растительность. 3 Мхи одни из первых селятся во влажных, лишённых жизни местах — на камнях, скалах, осыпях. 3 Они формируют первую почву и подготавливают биотоп для заселения другими видами. 3
• Выделение кислорода. 3 Как и все зелёные растения, мхи выделяют кислород. 3 Их вклад в формирование кислородной атмосферы Земли незначителен, но в небольших водоёмах мхи могут активно снабжать воду кислородом. 3
• Регулирование водного баланса. 5 Мхи регулируют испарение влаги из почвы. 5 На лугах мхи препятствуют семенному возобновлению трав, в лесах — прорастанию семян деревьев. 5
• Образование торфа. 35 Залежи торфа образованы слежавшимися остатками листостебельных мхов. 3
• Биоиндикация загрязнения. 1 Мхи, в том числе кукушкин лен, могут впитывать минеральные вещества как из атмосферы, так и из гумусового слоя земли. 1 По химическому составу мхов можно дать оценку источникам, ареалам, степени загрязнения окружающей среды, а также обнаружить главные вещества-загрязнители. 1