Некоторые древние представители отряда двукрылых, известные науке:

• Gallia alsatica. 14 Ископаемое насекомое, которое жило в середине триаса на территории современной Франции. 4 Gallia alsatica могла быть переходной формой между длинноусыми и короткоусыми двукрылыми — то есть между комарами и мухами. 4
• Prosechamyia dimedia и P. trimedia. 4 Ископаемые двукрылые, которые жили на территории США в позднем триасе — 227–208,5 миллиона лет назад. 4

Также есть мнение, что самые примитивные представители двукрылых похожи на долгоножек и объединены в вымершее семейство Architipulidae. 3

Судя по ископаемым находкам, двукрылые существовали уже в девонском периоде, то есть около 300 миллионов лет назад. 3