После изобретения электронного микроскопа произошли следующие достижения в развитии цитохимии:

• Возможность исследовать тонкую структуру клетки и её органоидов. 1 Первые модели электронного микроскопа имели разрешающую способность в несколько нм, что позволило получать изображения субклеточных структур вплоть до молекулярного уровня. 1
• Открытие новых клеточных органоидов. 1 С помощью электронной микроскопии были обнаружены рибосомы, лизосомы, клатриновые везикулы, нуклеосомы и другие структуры. 1
• Возможность увидеть вирусы, молекулы ДНК и работающие гены. 1 Это наполнило клеточную биологию принципиально новым содержанием. 1
• Исследование структурно-функциональной организации клетки. 1 В период 40–80-х годов XX века учёные изучили клеточное ядро, биологические мембраны, митохондрии и хлоропласты, центриоли, реснички и жгутики, миофибриллы, аппарат Гольджи и другие органоиды. 1
• Выявление ряда новых структур в цитоплазме и ядре. 4 Использование электронного микроскопа, методов количественной цитохимии, включая авторадиографию, и других химических и физических методов исследования привело к этому результату. 4