Некоторые достижения в изучении клетки, которые стали возможными благодаря использованию сканирующего электронного микроскопа:

• Получение трёхмерных изображений. 4 С помощью этого метода можно исследовать, например, мембраны клеток и включенные в них белки. 4
• Микроскопия сверхвысокого разрешения (ФИЛ-СЭМ). 2 Клетка помещается в блок из смолы, «лишние» части которого удаляются. 2 Затем фокусированный ионный луч снимает с образца слой за слоем, а каждый срез фотографируется сканирующим электронным микроскопом. 2 В итоге компьютер объединяет все полученные срезы в одну трёхмерную модель клетки. 2
• Исследование мельчайших деталей строения и развития клеток. 2 Впервые мельчайшие детали предстали перед исследователями в цвете, в трёхмерном виде и в высоком разрешении. 2