Некоторые аргументы, которые приводили критики теории Ламарка:

• Отрицание прерывистости эволюционного развития видов. 2 Ламарк представлял эволюцию как непрерывный процесс, лишённый скачков и перерывов. 2 Однако вымирание видов — очевидный факт, который следует расценивать как одно из проявлений прерывистости эволюционного процесса. 2
• Неверное представление об условности границ между современными видами. 2 Ламарк утверждал, что многие виды неясно обособлены. 2 Однако уже систематики его эпохи знали о существовании в природе «хороших видов», которые явственно обособлены от соседних с ними. 2 Теория Ламарка о плавной и гармонической трансформации видов не могла объяснить факт обособленности «хороших» видов. 2
• Отсутствие верного причинного объяснения возникновению и развитию приспособлений. 2 Ламарк не дал верного причинного объяснения возникновению и развитию приспособлений и предложил идеалистическое решение вопроса. 2
• Несостоятельность доводов и постулируемых законов эволюции с точки зрения палеонтологии. 1 Это было показано в трудах Ж. Кювье, Ч. Лайеля, Л. Агассиса, так как Ламарк отрицал вымирание видов. 1

Также для опровержения теории Ламарка проводились, например, эксперименты с крысами и мухами-дрозофилами. 3 Так, Август Вайсман обрезал хвосты у группы крыс и оставил их размножаться. 3 В следующем поколении он снова обрезал хвосты и оставил крыс размножаться. 3 Так он повторил свои эксперименты на 20 поколениях крыс, но ни одна крыса не рождалась без хвоста или с уменьшенным размером хвоста. 3 Кювье держал мух-дрозофил в тёмной комнате и оставлял их размножаться. 3 Он повторял эксперимент до 75-го поколения мух, но ни одно поколение не родилось слепым. 3 Это доказало, что мухи не приспосабливаются к изменениям окружающей среды и глаза не становятся бесполезными. 3