Научное сообщество объясняет предполагаемые наблюдения Лох-несского чудовища как мистификацию, принятие желаемого за действительное и неправильную идентификацию обычных предметов. 3

Некоторые альтернативные объяснения:

• Купающиеся слоны. 1 Нейл Кларк, куратор по палеонтологии музея университета Глазго, считает, что местные жители видели не доисторических динозавров, а купающихся слонов. 1
• Большой угорь. 2 После анализа ДНК организмов, обитающих в озере, учёные предположили, что чудовищем на самом деле может оказаться большой угорь. 2
• Кит. 2 Существует теория, что Лох-Несским чудовищем на самом деле является обычный возбуждённый кит, плавающий у поверхности воды. 2
• Всплытие затонувших брёвен. 1 По версии инженера-электрика Роберта Крейга, за появления чудовища наблюдатели принимали случаи всплытия на поверхность ранее затопленных стволов шотландской сосны, во множестве растущих по берегам озера. 1
• Сознательная мистификация. 1 Одно из альтернативных объяснений заключается в том, что владельцы отелей и прочих заведений, расположенных рядом с озером, использовали древнюю легенду о чудовище с целью привлечения туристов. 1

Профессор зоологии Оксфордского университета Тим Коулсон утверждает, что существование Лох-Несского чудовища «биологически невозможно». 5