Какие алгоритмы применяются для обработки подпоследовательностей в строках?

Некоторые алгоритмы, которые применяются для обработки подпоследовательностей в строках:

• Наивный алгоритм. users.math-cs.spbu.ru Перебирает все варианты совмещения подпоследовательностей, но имеет экспоненциальную сложность. users.math-cs.spbu.ru
• Алгоритм Хиршберга. users.math-cs.spbu.ru Построение наибольшей общей подпоследовательности за время O(mn) и объём памяти O(min(m, n)). users.math-cs.spbu.ru
• Метод динамического программирования Вагнера и Фишера. algolist.manual.ru Прост в реализации, но требует квадратичных затрат времени и памяти. algolist.manual.ru Его идея состоит в том, чтобы последовательно оценивать расстояния между всё более длинными префиксами строк до получения окончательного результата. algolist.manual.ru
• Алгоритм Ханта-Шиманского. algolist.manual.ru Во многих приложениях имеет высокую эффективность, но в худшем случае временная сложность становится больше квадратичной. algolist.manual.ru
• Алгоритм Машека и Патерсона. algolist.manual.ru Единственный из известных алгоритмов, которому в худшем случае требуется субквадратичное время. algolist.manual.ru Основная идея метода состоит в разбиении матрицы расстояний на совокупность подматриц. algolist.manual.ru