Нет однозначного мнения о наиболее правдоподобной гипотезе происхождения ядра клетки. Несколько гипотез, которые рассматриваются:

• Синтропная модель. 13 Ядро возникло в результате симбиотических взаимоотношений между археей и бактерией. 1 По этой гипотезе, древняя архея проникла в бактерию, где впоследствии редуцировалась до клеточного ядра эукариот. 3
• Гипотеза вирусного эукариогенеза. 13 Ядро возникло вследствие заражения прокариотической клетки вирусом. 3 По одной версии, ядро возникло при поглощении клеткой большого ДНК-содержащего вируса, по другой — эукариоты произошли от древних архей, уже инфицированных поксвирусами. 3
• Экзомембранная гипотеза. 13 Ядро произошло от одиночной клетки, выработавшей вторую внешнюю мембрану. 3 Первичная мембрана превратилась в ядерную и в ней появились поровые структуры для транспорта синтезированных внутри компонентов. 3

Ни одна из этих гипотез не получила широкой поддержки. 1