Жгутиконосцы играют важную роль в экосистеме пресных водоёмов, выполняя несколько функций:

• Участие в пищевых цепях. 1 Свободноживущие авто- и миксотрофные жгутиконосцы являются начальными звеньями пищевых цепей. 1
• Переработка органических остатков. 2 Гетеротрофные жгутиконосцы, питающиеся готовой органикой, участвуют в переработке детрита, образуя следующий этаж пищевой пирамиды. 2
• Насыщение водной среды кислородом. 1 Кислород, который жгутиконосцы образуют в ходе фотосинтеза, насыщает водную среду и используется для дыхания других организмов. 1
• Стимулирование развития фитопланктона. 3 Жгутиконосцы не только выедают бактерий и фитопланктон, но и стимулируют их развитие через выделение в процессе своего питания неусвоенных органических субстратов и соединений биогенных элементов. 3
• Влияние на другие организмы. 3 Жгутиконосцы служат важным пищевым объектом для инфузорий и метазойного зоопланктона. 3

Таким образом, жгутиконосцы участвуют в биологическом круговороте веществ и играют значимую роль в жизни водоёмов. 13