Закон Харди — Вайнберга влияет на частоту мутаций в популяции следующим образом: в идеальной популяции, в которой не идёт мутационный процесс, частоты аллелей и генотипов будут оставаться постоянными из поколения в поколение. 34

Однако в естественных условиях идеальных популяций не существует, мутации происходят всегда. 2 При этом мутации, происходящие в популяциях, дают отклонение в показателях частот встречаемости аллелей. 1

По формуле Харди — Вайнберга можно определять частоты генов в природных популяциях, например вычислять частоты полезных и вредных мутаций в популяциях растений и животных при восстановлении исчезающих видов или создании новых сортов и пород. 2

Таким образом, закон Харди — Вайнберга позволяет количественно оценивать влияние мутаций на генетическую структуру популяции.