Ядерный матрикс влияет на процессы репликации и транскрипции в ядре клетки следующим образом:

• В репликации ДНК. 5 На ядерном матриксе происходят инициация и собственно репликация ДНК. 5 В составе ядерного матрикса обнаружена ДНК-полимераза а — основной фермент репликации ДНК. 5 Кроме него с ядерным матриксом связаны и другие ферменты репликативного комплекса (реплисомы): ДНК-праймаза, ДНК-лигаза, ДНК-топоизомераза II. 5
• В транскрипции. 5 Транскрипционные комплексы закреплены на ядерном матриксе, а сама транскрипция осуществляется одновременно с перемещением матричной ДНК относительно закреплённых транскрипционных комплексов, содержащих РНК-полимеразу II. 5
• В созревании продуктов транскрипции. 14 Ядерный матрикс участвует в созревании (процессинге) и перемещении продуктов транскрипции внутри ядра и за его пределы. 1