Ядерный матрикс связан с репликацией ДНК и образованием петель хроматина следующим образом:

В репликации ДНК ядерный матрикс играет ключевую роль: более 70% новосинтезированной ДНК локализуется в зоне внутреннего ядерного матрикса, а фракция ДНК, связанная с ним, обогащена репликативными вилками. 15 Кроме того, в составе ядерного матрикса обнаружена ДНК-полимераза α и другие ферменты, участвующие в репликации ДНК. 1

В образовании петель хроматина ядерный матрикс также участвует: места расположения элементов MAR, которые важны для прикрепления петель ДНК к ядерному матриксу, сходны с сайтами связывания ДНК с топоизомеразой II, задействованной в образовании петель хроматина. 15