Взаимодействие радикалов аминокислот влияет на формирование вторичной структуры белка следующим образом:

• Стабилизация α-спирали. 3 Она образуется за счёт взаимодействия боковых радикалов, располагающихся друг над другом в соседних витках спирали. 3 Появление в первичной последовательности разноименно заряженных или гидрофобных аминокислот через 3–4 аминокислотных остатка будет стабилизировать α-спираль. 3 Напротив, наличие одноименно заряженных аминокислот через 3–4 аминокислотных остатка приведёт к их отталкиванию, что не позволит образоваться α-спирали. 3
• Формирование β-складчатого листа. 13 Структура формируется двумя параллельно или антипараллельно расположенными участками полипептидной цепи. 3 Она стабилизируется за счёт водородных связей, которые образуются между расположенными рядом остовами полипептидной цепи. 3 Боковые цепи аминокислот располагаются перпендикулярно по отношению к плоскости остова цепи, который при этом изгибается, образуя плоский лист. 3