Для выбора рестриктаз для вставки гена в плазмиду в SnapGene Viewer необходимо создать дизайн желаемой конструкции и карты рестрикции имеющегося материала: вставки и вектора — плазмиды, в которую будет клонирована желаемая последовательность. 2

При выборе рестрикционных ферментов нужно отдавать предпочтение тем, сайты рестрикции которых: 2

• окружают вставку, но при этом не вносят в неё разрывы; 2
• находятся в определённом нужном месте в плазмиде-векторе: окружают сайт множественного клонирования, но не вносят разрывы в других местах плазмиды; 2
• позволяют гарантировать, что вставка будет иметь правильную ориентацию; 2
• находятся в рамке считывания с тэгами, флуоресцентными белками или другими необходимыми модификациями в плазмиде-векторе. 2

В SnapGene Viewer информация о специфичности эндонуклеаз рестрикции и сайты рестрикции уже есть. 1 С её помощью можно определить сайты рестрикции, длины фрагментов ДНК, получающихся в результате рестрикции, и соотнести длины фрагментов и комбинации рестриктаз. 1

Также для подбора рестриктаз можно использовать инструмент Enzymefinder от NEB, который позволяет найти всю доступную информацию о рестриктазах по их названию, сайтам рестрикции или свойствам. 2