Вторичная структура РНК влияет на её функции в клетке следующим образом:

• Обеспечивает взаимодействие РНК с молекулами. 1 Например, со специфическими белками, которые связываются с РНК с образованием рибонуклеопротеиновых комплексов и регулируют сплайсинг, трансляцию и другие процессы. 1 Если участок связывания «закрыт» петлёй, белок не сможет провзаимодействовать с молекулой. 1
• Определяет регуляцию генов. 1 Например, конфигурация РНК может изменяться под влиянием определённых факторов, что влияет на регуляцию генов. 1 Так, возникновение шпилек может воспрепятствовать транскрипции или синтезу белка в рибосомах. 1
• Обеспечивает выполнение матричной функции в ходе трансляции. 5 В линейной молекуле мРНК формируется несколько двухспиральных шпилек, на концах которых располагаются «знаки» инициации и терминации трансляции. 5

Таким образом, вторичная структура РНК определяет её участие в различных клеточных процессах и зависит от её типа. 24