Вторичная структура мРНК влияет на её функционирование следующим образом:

• Регулирует трансляцию. 1 Например, вставка в белки необычных аминокислот, селенометионина и пирролизина, зависит от стебля-петли, расположенной в 3'-нетранслируемой области. 1 Псевдоузлы служат для программированного изменения рамки считывания генов. 1
• Замедляет деградацию определённых мРНК. 1 Чем больше стабильность мРНК, тем больше белка может быть синтезировано с данной молекулы. 1
• Определяет локализацию мРНК в клетке. 3 Это может влиять на локализацию закодированных в ней белков, а через это и их функциональность. 3