По одной из гипотез, стоп-кодоны в генетическом коде возникли в ходе эволюции. 2 Первоначально код был неоднозначным: каждый кодон имел несколько значений. 2

Возникновение очень короткой 3’-нетранслируемой области и поли(А)-хвоста позволило переобозначить стоп-кодоны и использовать их в качестве сигнала терминации. 2 Такое контекстное прочтение делает генетический код устойчивее к мутациям, превращающим значащие кодоны в стоп-кодоны. 2

Однако бывает, что трансляция, то есть синтез белка, проходит «сквозь» терминаторный кодон. 4 В этом случае рибосома воспринимает его как «аминокислотный», то есть кодирующий какую-то аминокислоту, и в результате всё равно получается нормальный, функционирующий белок. 4