Система чередования гласных в корнях русского языка возникла в общеславянскую эпоху, то есть в V–VI веках. 1

Некоторые чередования объясняются фонетическими процессами, действовавшими в тот период, например: 1

• Утрата количественных различий в гласных. 1 Например, чередование «Е // А» (сесть – садиться) объясняется индоевропейским чередованием [е] долгого // [о] долгого, которые в общеславянском языке изменились в [;] // [а], в русском языке — в [е] // а. 1
• Изменение сочетаний гласных с согласными. 1 В индоевропейском языке-основе были сочетания гласных с плавными согласными or, ol, er, el, которые в результате действия закона открытого слога перед гласными оставались без изменения, а перед согласными изменялись. 1
• Изменение дифтонгов. 2 Дифтонги — сочетание двух гласных звуков в одном слоге, не разделённое согласными. 2 Согласные г, к, х изменялись в з, ц, ш перед гласными ь, и, которые произошли от дифтонгов. 2 Так возникли чередования г//з; ск//щ; х//ш. 2

Кроме того, на возникновение чередований повлиял закон открытого слога: в дописьменный период развития славянских языков в слове все слоги были открытыми, то есть границей слога был гласный звук как самый звучный, поэтому была возможность растягивать звуки. 2

Со временем фонетические правила менялись, а чередования оставались, образовывался так называемый «старый фонд» слов, и чередования стали использоваться в языке как средство для образования новых слов. 5