Существует несколько гипотез о возникновении клеточного ядра в процессе эволюции: 1

1. Гипотеза фагоцитоза. 1 Древняя клетка-хозяин, возможно, бактерия, поглощает вирус, содержащий генетический материал. 3 Вместо того чтобы разрушить его, клетка «приручает» вирус, интегрируя его ДНК в свою собственную. 3 Со временем вирусная ДНК становится ядром, ограждённым мембраной, и берёт на себя управление клеткой. 3
2. Симбиотическая гипотеза. 3 Согласно ей, эукариоты произошли от древних архей, инфицированных поксвирусами. 3 Возможно, поксвирус, инфицировав архею, не просто внедрился в её геном, но и передал ей свои механизмы репликации ДНК, заложив основу для формирования ядра. 3
3. Экзомембранная гипотеза. 1 Утверждает, что ядро произошло от одиночной клетки, выработавшей вторую внешнюю мембрану. 1 Первичная мембрана превратилась в ядерную, и в ней появились поровые структуры для транспорта синтезированных внутри компонентов. 1

Также существует синтрофная гипотеза. 1 Согласно ей, предок эукариот вместо поедания бактерий «обнимал» их своими протрузиями. 1 Сеть выростов в дальнейшем расширялась, создавая ячейки для бактерий-симбионтов и отделяя оболочку будущего ядра. 1 Так постепенно, шаг за шагом, формировалась эукариотическая клетка. 1

Следует отметить, что это лишь некоторые из множества гипотез, и у учёных нет однозначного ответа на вопрос о происхождении клеточного ядра.