Внехромосомная ДНК влияет на эволюцию хромосом следующим образом:

• Способствует формированию генетической гетерогенности. 1 Например, в опухолях с помощью амплификаций и других мутаций кольцевой внехромосомной ДНК формируется разнородность, а процесс эволюции идёт быстрее, чем если бы эти процессы происходили исключительно в хромосомах. 1
• Участвует в хромосомных перестройках. 5 Во время хромотрипсиса хромосома или плечо хромосомы разрушаются с последующим неполным и случайным восстановлением фрагментов. 5 При восстановлении хромосомы ориентация фрагментов может измениться, часть фрагментов удаляется, а часть образует внехромосомные двойные минихромосомы. 5 Это приводит к перестроенной хромосоме или фрагменту хромосомы. 5
• Выполняет роль переносчиков генетической информации. 1 Подобно экзосомам, внехромосомная кольцевая ДНК может переносить генетическую информацию от клетки к клетке. 1