На формирование подпалого окраса у собак влияют различные гены, например:

• Аллель аt. 24 Под её воздействием образуется подпалый окрас (черно- или коричнево-подпалый). 4 У собак с генотипом аtаt подпалины очерчены чётко. 4
• Ген RALY. 13 Подпалый окрас проявляется в том случае, если собака имеет две копии дупликации в гене RALY — dup/dup. 13
• Факторы, подавляющие синтез феомеланина. 3 Они могут способствовать осветлению окраски подпала до светло-серого или белого. 3
• Аллели dd. 3 Способствуют осветлению окраса, влияют в основном на эумеланиновые зоны волоса. 3 Чёрная и коричневая зоны окраса осветляются заметно сильнее, феомеланиновые же — то есть зоны подпала — часто сохраняют практически обычную интенсивность. 3
• Аллель Em. 3 При наличии этого гена собаки подпалого окраса имеют тёмную маску. 3
• Аллель kbr. 3 Инициирует появление на светлых зонах окраса (подпалинах) тигрового рисунка. 3