Генетика влияет на проявление гнедой масти у лошадей следующим образом: доминантный аллель А при наличии гена Е в процессе эмбриогенеза переключает часть меланоцитов на синтез рыжего пигмента. 14 Помимо этого аллель А распределяет чёрный пигмент, концентрируя его в гриве, хвосте и нижней части ног лошади, что и даёт проявление гнедой масти. 1
Рецессивный аллель а распределяет чёрный пигмент по всему телу, приводя к образованию вороной масти. 1 Промежуточное положение занимает аллель At. 1 Он распределяет чёрный пигмент почти по всему телу, за исключением небольших областей вокруг глаз, вокруг ноздрей, возле локтей и в паху, приводя к образованию караковой масти. 1
Воздействие дополнительных генов окраса шерсти на шаблон гнедой породы может изменять основной цвет на другие оттенки или узоры. 5 Например, ген кремелло в гетерозиготном состоянии осветляет только рыжий пигмент, при этом рыжая масть превращается в соловую, а гнедая — в буланую. 1 Шампанский ген является доминантным геном-осветлителем и осветляет оба пигмента — и чёрный, и рыжий. 13