Апомиксис по-разному влияет на эволюцию и генетическое разнообразие растений. 3

С одной стороны, апомиксис способствует видообразованию. 1 Растения с факультативным апомиксисом могут фиксировать адаптивные комбинации генов и с помощью остаточной «сексуальности» создавать новые рекомбинантные генотипы, противостоять накоплению вредных мутаций. 1

С другой стороны, апомиксис часто приводит к образованию клона, все особи которого по числу хромосом и генетической конституции идентичны материнскому организму. 35 Изменчивость таких организмов незначительна, и материал для естественного отбора невелик. 3

Таким образом, в зависимости от условий среды апомиктические формы могут процветать, пока условия остаются относительно неизменными, но при изменении среды они не обладают достаточной генетической пластичностью, необходимой для приспособления к новым условиям. 4

Когда апомиксис частичный и часть потомства образуется половым путём, растения получают определённое преимущество от апомиксиса и при этом хотя бы частично сохраняют способность к генетическим рекомбинациям. 4