Появление вирусов на эволюционном древе жизни неясно. 2 Есть несколько гипотез о происхождении вирусов: 3

• Первая предполагает, что вирусы могли явиться первичными формами жизни, возникшими в результате химических реакций с использованием энергии УФ-лучей или электроразрядов и давшими начало клеточной организации жизни. 3
• Вторая гласит, что вирусы произошли от свободноживущих микробов, нуждавшихся в факторах роста и ставших вследствие этого внутриклеточными паразитами, а затем поэтапно утративших энергообменные системы. 3
• Третья предполагает, что вирусы произошли от содержащих НК (плазмид) структур и органелл клеток, ставших автономными самовоспроизводящимися элементами. 3

Между плазмидами и вирусами нет резких границ. 4 Некоторые плазмиды являются производными фагов, утратившими большую часть генов, и наоборот, некоторые вирусы могут персистировать в виде плазмид, например, вирус герпеса. 4

В процессе эволюции у вирусов вырабатывалась адресная функция — поиск чувствительного хозяина среди бесконечного числа нечувствительных клеток. 1 Эта функция реализуется путём наличия специальных белков на поверхности вирусной частицы, которые узнают специфический рецептор на поверхности чувствительной клетки. 1

По-видимому, разные группы вирусов возникали в исторически разные времена из разных генетических элементов клеток, и поэтому существующие в настоящее время разные группы вирусов имеют полифилетическое происхождение, то есть не имеют единого общего предка. 1