В процессе эволюции функции эктодермы, энтодермы и мезодермы менялись следующим образом:

1. Эктодерма изначально специализировалась на взаимодействии со внешней средой, так как из неё образовывались покровы тела и чувствительные клетки. 1 В дальнейшем из эктодермы сформировались нервная система и органы чувств (зрение, слух, обоняние). 3
2. Энтодерма изначально выполняла функции питания и дыхания, так как из неё формировались органы пищеварения и пищеварительные железы, а также органы дыхания. 2 В дальнейшем энтодерма стала источником образования эпителия среднего отдела кишечника, печени, желчевыводящих путей, поджелудочной железы, лёгких и половых желёз. 2
3. Мезодерма изначально выполняла функции связи между частями зародыша, а также двигательную, опорную и трофическую функции. 2 Из мезодермы дифференцировались кровеносная и выделительная системы, скелет, мышцы, соединительная ткань. 2 В дальнейшем из мезодермы развились структуры, позволяющие совершать сложные движения. 1

Таким образом, можно предположить, что энтодерма возникла раньше эктодермы, а мезодерма появилась позже, так как двухслойные животные устроены проще, чем трёхслойные, и возникли раньше последних. 1