Понятие филогенез используется в биологии для классификации организмов путём изучения их исторического развития. 12

Некоторые аспекты применения филогенеза в классификации:

• Установление происхождения и родственных связей. 1 Исследователи прослеживают эволюционный путь группы, определяют её предка и указывают ближайших родственников среди современных видов. 2
• Построение естественной системы организмов. 2 Исследование филогенеза необходимо для развития общей теории эволюции. 2
• Идентификация биоразнообразия. 3 В биологии сохранения учёные используют филогенез, чтобы определить, какой организм следует защищать. 3
• Выявление групп населения, подверженных риску различных генетических заболеваний. 3 Генетики могут отслеживать и наблюдать за проявлениями заболевания в популяции, чтобы определить его источник, способ передачи и другие важные характеристики. 3

Для классификации организмов на основе филогенеза учёные используют различные методы, включая сравнительную морфологию, эмбриологию, палеонтологию, генетику, биохимию и молекулярную биологию. 12

Графическое изображение филогенеза — родословное (или филогенетическое) древо. 2