Устройство гигантских вирусов на примере мимивируса и пандоравируса имеет свои особенности:

Мимивирус имеет примерно икосаэдрический капсид диаметром 400–500 нм. 2 Капсид покрыт многочисленными белковыми нитями длиной 80–120 нм. 2 Сразу под капсидом находятся два электронноплотных слоя, которые предположительно являются мембранами. 25 Под этими мембранами находится белковая оболочка толщиной около 7 нм, внутри которой заключена линейная двухцепочечная ДНК вируса. 25 Все описанные компоненты образуют так называемый нуклеокапсид. 2 Между капсидом и нуклеокапсидом обнаружены внутренние белковые нити, которые предположительно обеспечивают стабильное положение второго внутри первого. 2

Пандоравирус имеет овальную форму и длину около 1 микрометра (1000 нанометров). 6 Зрелый вирион представляет собой выглядящий пустым компартмент, окружённый мембраной, под которой располагается оболочка толщиной около 70 нм. 3 В ней выделяются три слоя: внутренний электронно-плотный слой толщиной около 20 нм, средний тёмный слой толщиной около 25 нм, похожий на густую сеть из параллельно ориентированных фибрилл, и наружный слой средней электронной плотности толщиной около 25 нм. 3 На одном конце вирусной частицы находится апикальная пора, через которую содержимое вириона изливается в цитоплазму амёбы-хозяина, проходя через канал, образованный при слиянии мембраны вируса и мембраны пищеварительной вакуоли. 3 В отличие от мимивируса, у пандоравирусов нет электронно-плотной центральной области, которая соответствует компактизированному геному. 3