Корневая система шалфея мускатного устроена следующим образом: корень мощный стержневой, деревянистый, сильноветвистый в верхней части. 4 В первый год вегетации он проникает в почву на глубину 90–120 см, во второй — до 2 метров и более. 4

В период начального роста в основном развивается стержневой корень, а с фазы трёх пар настоящих листьев начинают образовываться боковые корни. 4 Особенно густая сеть мелких корешков распространяется в период смыкания розеток. 4 По мере углубления корней в почву разветвлённость их уменьшается. 4

В первый год жизни шалфея мускатного формируется мощная корневая система, проникающая в глубину на 1,0–1,2 м. 2