Корневая система клевера ползучего стержневая, с сильно развитыми боковыми корнями. 13 Основная масса корней залегает на глубине 40–50 см. 1
Корень стержневой, мелкоукореняющийся, сильноветвящийся. 5 Дополнительные корни образуются на узлах лежащего стебля. 5 Развиваясь, они создают самостоятельную корневую систему, обеспечивающую существование растения и после отмирания главного корня. 5
На корнях образуются своеобразные клубеньки, содержащие клубеньковые бактерии, способные фиксировать атмосферный азот. 4
Также корневая система клевера ползучего проникает в почву на глубину до 1 м. 4