Корневая система кедра сибирского состоит из короткого стержневого корня, от которого отходят боковые корни. 25 На концах этих корней расположены мелкие корневые волоски, на которых развивается микориза (грибокорень). 5

Если дерево растёт на хорошо дренированной, лёгкой по механическому составу почве, на коротком стержневом корне (до 40–50 сантиметров) развиваются мощные якорные корни, которые проникают в землю на глубину до 2–3 метров. 5 Именно якорные корни, а также прикорневые лапы обеспечивают высокую устойчивость ствола и кроны. 5

На переувлажнённых участках корневая система кедра развивается так же, однако из-за близкого стояния грунтовых вод весь профиль корней укорочен. 2 В понижениях и слабо прогреваемых местах корни сильно разветвлены и расположены близко к поверхности. 2