Гидроакустическая навигационная система для подводных аппаратов устроена следующим образом: 1

1. Навигационная база состоит из множества гидроакустических приемоответчиков, установленных в районе работ. 13 Они могут быть стационарными донными или нестационарными — поверхностными дрейфующими. 1
2. Каждый маяк обеспечивает информационный обмен с подводным аппаратом по гидроакустическому каналу связи. 1 Он содержит приемопередающую аппаратуру низкочастотного (НЧ) канала гидроакустической связи с большой дальностью действия и малоразмерную приемопередающую аппаратуру высокочастотного (ВЧ) канала гидроакустической связи с малой дальностью. 1
3. На подводном аппарате размещают приемопередающую аппаратуру ВЧ канала гидроакустической связи с маяком-ретранслятором, а также приёмную аппаратуру НЧ канала гидроакустической связи с маяком. 1
4. Бортовым акустическим приёмником подводного аппарата определяются времена распространения сигналов до каждого маяка. 1 На основе измерений времени распространения и скорости распространения сигналов рассчитывается результирующее значение текущей дальности от каждого маяка. 1

Также существует метод навигации, основанный на единой станции морского дна. 2 Относительно неё автономные подводные аппараты могут оценивать своё местоположение. 2 Для этого они начинают с акустического опроса единой станции морского дна и измеряют расстояние между двумя блоками, а также пеленг единой станции морского дна относительно себя. 2 Затем единая станция морского дна вычисляет пеленг подводного аппарата относительно себя и передаёт эту информацию обратно в аппарат с помощью аналогичного акустического устройства. 2 Объединяя эту информацию и вводя её в структуру нелинейного фильтра, аппарат вычисляет оценки своего положения и курса. 2